2012年2月，东京铁塔上空出现了巨大的数码蛋。就在本宫大辅（20岁）和V仔兽修行拉面技艺的时候，遇到了虽然拿着有裂纹的数码器，但身边没有搭档数码兽的迷之青年——自称“我没有数码兽，我的搭档数码兽被我杀了，我是世界上最初和数码兽建立搭档关系的人类。”

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花梨（川上友子 配音）本来只是一个平凡的女高中生，某日，她意外的在盛夏时节看到了红透了的枫叶，之后，便莫名其妙的被召唤至异世界之中。在这里，她成为了唯一能够拯救日渐遭到怨灵侵蚀的京都的龙神神子。　　此时的京都分为“帝”和“院”两大派系，为了拯救京都，花梨必须找到属于她的“八叶”——内向沉默的源赖忠（

一日，普通的女高中生元宫茜（川上友子 配音），以及好友森村天真（关智一 配音）和流山诗纹（宫田幸季 配音）三人被一枚红叶传送到了遥远的“京”。在那里，人们称茜为“白龙神子”，她能够使用自己体内寄存的龙神之力来保护京都免受恶灵的骚扰。而所谓的八叶，分别代表了四青龙和四白虎，他们的任务是围绕在神子身边，

元宫茜（川上友子 配音）本是一名平凡的女高中生，一天放学后，小茜和同级生森村天真（关智一 配音）、流山诗纹（宫田幸季 配音）一起跌入了一座古井之中，穿越到了名为“京”的异世界里。在这里，小茜遇见了星之一族的公主藤姬，藤姬告诉小茜，她的真实身份是拥有龙神之力的神子，也是唯一能够守护和拯救京都的存在。　

　　在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。　　数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一

舞台是象征理性的「青之世界」，然而正在遭受由本能支配的「红之世界」的生命体NightflyO’Note的袭击与侵略。17岁的主人公麻黄Akira就职为青之世界研究员，随后因为能力出众而被提拔为最前线的战斗指挥官，受命负责横跨石垣岛和西表岛而构成的对位相外防卫机关，通称「琉球LAG」。在那里她遇见了在